国家宗教事务局负责人表示，颁布实施这一办法，是落实宪法原则，保障公民宗教信仰自由的需要，也是贯彻执行《宗教事务条例》的需要。
藏传佛教具有地域性和一定的特殊性，在西藏和四川、云南、甘肃、青海以及内蒙古等省、自治区具有广泛的群众基础和社会影响；藏传佛教寺庙不仅是宗教活动场所，同时又是基层社会单位，具有一些不同的特点。因而，有必要结合藏传佛教的实际，对《宗教事务条例》的有关原则规定进行细化和具体化，增强针对性和可操作性，规范藏传佛教寺庙的管理；同时，也要按照全面推进依法行政的要求，进一步规范政府的行政行为。
国家宗教事务局负责人表示，颁布实施《办法》，还是维护藏传佛教寺庙正常秩序的需要，是藏传佛教人士的要求。目前，藏传佛教寺庙管理总的情况是好的，但也存在一些问题。如，一些寺庙管理组织不健全，很多寺庙的管理组织未能真正履行职责，形同虚设；一些寺庙规章制度不健全，制度得不到很好落实，人员、教务、财务、治安等管理混乱；一些寺庙盲目发展，超出了自身的容纳能力、自养能力、自我管理能力，给当地信教群众造成了较大的经济负担；一些寺庙和教职人员爱国守法的意识淡薄，与党和政府离心离德，被达赖集团拉拢、利用。这些问题的存在，严重影响藏传佛教的正常秩序，扰乱了藏传佛教寺庙开展的正常教务活动，使信教公民的宗教生活受到影响，甚至给达赖集团图谋搞乱藏区，从事分裂破坏活动以可乘之机。藏传佛教人士对此反应强烈，纷纷要求政府对寺庙加强规范化管理。
《藏传佛教寺庙管理办法》进一步明确寺庙、教职人员的合法权益受法律保护。寺庙可以组织开展正常的宗教活动，可以按规定举办大型宗教活动、开办学经班、印刷宗教内部资料性出版物、接受境内外组织和个人的捐赠、举办社会公益慈善等事业。政府宗教事务部门工作人员在宗教事务管理工作中滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。侵犯寺庙、教职人员合法权益的，依法承担民事责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，办法对藏传佛教寺庙的民主管理、教职人员管理以及寺庙举办学经班和大型宗教活动等事务作出了规定，确立了藏传佛教寺庙的一些重要管理制度。
