喇嘛教，在西藏社会既是文化观念上的教义崇敬信仰，又是具有宗教色彩政治统治权力的象征，形成寓政教一体的社会特征。 喇嘛教，在西藏发展中曾产生过红帽系、黑帽系、花帽系和黄帽系之间的激烈斗争。进而由于宗教派别势力之争，引向政治权势之争。
13世纪初，成吉思汗征西夏时，曾与西藏的高僧有过接触。其后凉州王阔端将喇嘛教引入蒙古社会。忽必烈成为元朝开国皇帝后，尊萨迦派高僧八思巴为帝师，建立了蒙古统治者与喇嘛教首领之间的密切关系。其后宗喀巴创建格鲁派（黄教）后，漠南蒙古部首领俺答汗与格鲁派以达赖、班禅为首的喇嘛教首领，建立了“施主与祭司”的密切关系。
元代，喇嘛教高僧来蒙古地区弘扬、传授佛教哲理和普渡众生的佛法理论，使喇嘛教战胜了蒙古人原始皈依的萨满教等阻力，成为蒙古社会宗教文化的主流而发扬光大。喇嘛教以慈悲济世，普渡众生教义，使蒙古人虔诚地匍伏在神佛面前顶礼膜拜，形成蒙古社会从王公贵族至平民百姓，虔诚崇敬喇嘛教的巨大影响。 喇嘛教在蒙古地区建立大量寺院，蒙古人有三分之一以上的男性出家当喇嘛，在寺庙里聆听高僧宣法、诵经、传艺，学习宗教哲学、天文、地理、绘画、艺术和藏医、藏药等技术知识，并对蒙古文字创造、宗教哲学、医学、艺术等发展，产生过不容忽视的影响。精通蒙、藏、梵文的高僧，把大藏经、宗教哲学、文学艺术经典，译成蒙文，在蒙古社会广为传播。因此，喇嘛教成为启迪蒙古人思想，获得文化知识的园地。
自元初，蒙古统治者将喇嘛教引入蒙古社会，它不只是一种宗教信仰，而更重要的是通过喇嘛教的教义，来肯定他们统治地位的合法性。清代统治者，更深知蒙古人对喇嘛教崇信的观念，大力扶持鼓励发展喇嘛教，以利用喇嘛教来麻醉人民的思想，巩固其对蒙古各部和边疆民族的统治地位、使其成为维护安定社会秩序的重要支柱。
一、13世纪阔端、忽必烈与喇嘛教的关系
据《蒙古佛教史》、《蒙古政教史》、《智者喜宴》等文献记载，1227年（火猪年）成吉思汗征西夏时，率领蒙古武装渡过黄河进攻积石州，破临州、洮河、西宁等地，进入吐蕃“密那克之地”击败吐蕃军队。沿途摧毁许多佛寺，时有穿着西夏服吐蕃红帽系的蔡巴•噶举派喇嘛巴东库哇、旺秋扎喜等人被俘，他们通过翻译向成吉思汗讲佛法的因果关系，成吉思汗接其教义，尊其为“长老”。吐蕃卫藏地区封建领主闻讯，即派遣蔡巴噶举派贡噶多吉为代表，前去会见成吉思汗，申其愿归顺蒙古，并请求派遣喇嘛携带佛像、佛经前往蒙古地区传教。同时“祀奉之三宝物（佛教术语：指与佛、法、僧有关的物品）和僧众，…… （奉）成吉思汗成为（吐蕃）佛教之施主和法王。” 成吉思汗接受其请求，并发布诏书，免除佛教僧人差税、兵役，不准在寺院驻兵。又据《安多政教史》载：有一个在青海出生名叫：西格格西僧人，在萨迦学经后，前来蒙古传经，拜见成吉思汗，因他能作法降雨，受到敬重，留在成吉思汗身边※。
1229年，窝阔台即大汗位后，将甘、青和原西夏的属地，划归其二子阔端（贵由汗之弟）为封地, 称“凉州王”。1239年，阔端派遣大将军多达那波率蒙古军从凉州出发，于1240年，经青海进入吐蕃地区。蒙古军“在朵堆、朵麦和索曲等地，到处杀人放火，烧毁佛堂寺庙”，在著名的热振寺，有“五百多僧人被杀”，使吐蕃全境地动石颤。不久，多达那波率蒙古军打到拉萨河上游的止贡寺，时因卫藏各派势力分裂，无力抵抗。于是萨迦、帕竹、止贡、蔡巴和达垄等各教派首领向多达那波表示，愿归顺蒙古。
多达那波向阔端报告了占领吐蕃情况，奉命邀请止贡寺主“京俄扎巴迥乃到蒙古地方传教，他未亲去”。转而推荐邀请当时在吐蕃各教派中势最大，学识渊博，名声远播的萨迦派首领萨迦钦·贡噶坚赞（即：萨迦班智达）大师。进而他还鼓励萨迦钦·贡噶坚赞说：“为了整个吐蕃的利益，你应前去”会见蒙古的首领。[1]
1240年，多达那波返回凉州，向阔端报告吐蕃各派情况。他说：“闻萨迦班钦·贡噶坚赞喇嘛之盛名，遗使入藏，致书于萨迦班钦，陈述召彼赴蒙地弘扬佛法意。”[2] 并建议蒙古军占领吐蕃后，任用有声望宗教首领协助统治的重要性。阔端采纳了多达波的建议，下诏邀请萨迦派首领萨•班•贡噶坚赞，前来凉州商洽吐蕃归顺与传播弘扬佛法事宜。
1244年，时年63岁的萨迦班钦·贡噶坚赞率其两个侄子（10岁的八思巴、6岁的恰那多杰）前往凉州。途径一年多艰难跋涉，于1246年，抵达凉州。当时，适逢蒙古大汗窝阔台死后，选立新汗，阔端前往漠北哈喇和林，参加新大汗登极庆典。1227年，阔端从蒙古返回凉州，与萨迦叔侄等会见。时因长途劳累阔端身患重疾，届时“萨迦班钦用狂猛烈狮子吼法除其病，并向可汗及其眷属传授喜金刚灌顶等法，又示现种种变术，”[3] 深得阔端全家的尊敬。萨迦班钦在凉州七年，除洽商吐蕃归顺事宜外，还向蒙古官民“弘扬佛法，饶益众生，”赢得蒙古人的信仰。阔端当将藏传佛教奉为诸宗教之首，赋予崇高地位和权利，并为他兴建宏伟的幻化寺，许他向蒙古各地传授佛法。
1247年，萨迦班钦写信给卫藏、前藏和阿里等地各派首领，劝其凡“自动归顺（蒙古者），各地官员可由本部族人中委派。”蒙古人对归顺者各部族的百姓税赋和差役均可减轻。并说：“蒙古王之军队，多至不可胜数宇内当已悉附于彼。从彼者则祸福与共，非真诚归附，阳奉阴违者，则王不认其为臣属，且终必灭绝之。”[4] 吐蕃各派的首领见到劝降信后，皆表愿意归顺。从而萨迦班钦为吐蕃避免遭蒙古军洗劫之灾、并对蒙元王朝实现对吐蕃地方的大统一做出了重大贡献。
蒙古族无文字，成吉思汗时曾一度使用维吾尔字头拼写的蒙文，但有诸多不便。为此，阔端曾受命萨迦班钦创制新蒙古字，但终未完成。其后阔端与萨迦班钦相继去世。1253年，忽必烈征鄂州后，班师返回途经六盘山时，邀请时年19岁的八思巴召见，送至平开供养。
1256年，吐蕃黑帽派高僧噶玛拔喜，应蒙哥汗诏，赴漠北帝都哈剌和林谒见蒙哥汗，赐其金边僧帽和金印。并命他“继续增补萨迦班钦所造之蒙古新字，但亦未使其完善。”但亦未能完成创制蒙古新字。
1260年忽必烈在开平（上都）即元朝开国皇帝大位，随即尊八思巴为国师，授其“灌顶国师”玉印。同年命八思巴返藏，继续研制蒙古字。1269年，八思巴研创蒙古字成功，前往大都（北京）觐见忽必烈帝。据《续藏史鉴》载：“字成上之，帝大悦，遂始赐僧人统国之权”。 封他为“帝师”，并受“大宝法王”印，将吐蕃地方和13万户藏民，封赏他统辖。从此，于“1270年，忽必烈将所称红帽系的喇嘛僧人扶上了西藏的宝座，获得蒙古人支持和保护的萨迦政权从此开始”[5]
1276年，八思巴再次返藏，执掌吐蕃法王兼治理吐蕃地区行政王，成为吐蕃最高宗教和政权首脑。从此确立了吐蕃政教合一的统治地位，并巩固了吐蕃地区为元朝大统一的隶辖版图。从八思巴受封“帝师”，至元朝灭亡，吐蕃（西藏）高僧受封蒙古皇帝“帝师”者，多达成15人以上。蒙古历代帝王尊奉喇嘛教，建立起“师尊与弟子”关系，成为其维护对蒙藏人民有效统治工具。并以此为纽带形成蒙藏文化、宗教的密切关系。
西藏喇嘛教各派之间的斗争，在不同历史时期，占据的统治地位，是与中原王朝政治统治者对其的支持与否，具有密切关系。1368年，自朱明王朝建立后，仍沿袭元朝治理吐蕃的旧制，极力支持帕竹噶举派，从此噶举派政权在吐蕃历史舞台上，占居了统治地位。
1409年（明永乐七年），宗喀巴在拉萨创建格鲁派（黄教），主持祈愿大会，并兴建噶丹寺“以安众僧”，成为格鲁派的创始人。其后明成祖派钦差来藏迎请他赴京传法，因辞未去。当派遣其大弟子绛青曲结代表他前往北京，明成祖国即封他为“大慈法王”。其后明宣宗又封他为“国师”。此后他赴蒙古等地传扬黄教，“是黄教传布内地之始”。
1416年，宗喀巴的弟子嘉祥曲结尊师之命，在拉萨东郊建立哲蚌寺。1419年，降青曲结，在宗喀巴圆寂之年，又在拉萨北郊兴建色拉寺。同期，在西藏各大寺木刻印刷《宗喀巴大师文集》、《萨迦五祖文集》等著作和经卷[7]，广泛流通于蒙藏地区的各个寺院。这对喇嘛教格鲁派在蒙古地区发展和促进蒙、藏文化交流，起到了积极的作用。 此后，喇嘛教的经典著作《大藏经》等，在蒙古各地寺院普遍收藏、翻译，成为蒙古喇嘛僧众诵读的必修课程。同时，佛教文化、哲学等，通过各寺院的喇嘛群体，成为向蒙古社会传播宗教知识、文化的重要途径。
二、俺答汗等与格鲁派首领的关系
1480年，成吉思汗十五世孙孛尔只斤•巴图蒙克被选立为北元的大汗，称达延汗（时称小王子）。在其妻满都海哈屯辅佐下，击败瓦剌部，统一了漠南蒙古诸部。并分封其诸子为左、右两翼，各领三万户领主。
1507年，达延汗之孙俺答汗（亦称阿勒坦汗）为控制蒙古右翼土默特部的万户首领。其势力强大后， 迫使左翼万户首领察哈尔部林丹汗迁往辽东边外。1550年（嘉靖二十九年），淹答汗率大军兵临北京城下，胁求明朝政府开宣府、大同等地马市。后又要求开延绥、宁夏、甘肃等近边马市1 1处。
1559年，俺答汗率兵进入青海。1566年，俺答汗与鄂尔多斯部库克台彻辰洪台吉率兵攻占西藏安多地区，并派遗代表与西藏佛教首领接触，“劝其归顺，共同供奉佛教；若不归顺，即以兵戎相见。”[8] 西藏宗教首领，协商后决定归顺蒙古。并派遗高僧勒尔根、阿斯多克•赛音班第和阿斯多克、瓦齐尔•托迈•桑噶斯巴三人随同库图克彻辰洪台吉来蒙古传教。从此，俺答汗与西藏格鲁派建立了联系。[9]
1571年，俺答汗接受明朝封“顺义王”爵，同年，西藏高僧阿辛喇嘛来会见俺答汗，规劝他皈依佛教，敬奉三宝。其三宝者：“即佛、法、僧，信佛者不拜其他诸天；信圣法者不杀人害命；信僧者不信异教旁门。”并将喇嘛教的六字真经和教义，示于俺答汗、钟根哈敦为首的蒙古众人。又向俺答汗建议：“若如先圣鞠躬尽粹薛禅汗（忽必烈）、八思巴喇嘛二人一般，建立施行政治、宗教并行之制时，（如）西土我图伯特（吐蕃）孟克（指拉萨）地方。”[10] 俺答汗听了他讲解的喇嘛教的教义后，颇受其感化。从此，蒙古大汗与喇嘛教格鲁派建立了密切关系。
1577年（万历五年），西藏萨迦寺喇嘛索南嘉错（即三世达赖），应淹答汗邀请前往青海传法讲经。并在青海宗喀巴诞生地一座塔旁，命杜瓦曲结沙嘉错喇嘛兴建寺庙，取名藏贡札仓（即塔尔寺）。
1578年，淹答汗以年暮，厌兵，改尊奉喇嘛教，在青海湖东之察布齐勒雅地方兴建了仰华寺。又派遣“鄂尔多斯之彻辰洪台吉、土默特之达延诺延为首之三千人众，迎”请赖索南嘉错前来仰华寺供养[11]。1580年，索南嘉错应邀抵达仰华寺，俺答汗与其会晤，并“献币帛珠宝驼马无数算” 。索南嘉错向俺答汗宣讲佛教教义，劝其戒杀行善，废止蒙古贵族的夫死妻殉等恶习。“俺答感其化，令蒙人皆奉佛教，持戒诵经，月斋三日，禁止杀牲渔猎”。索南嘉错赠俺答汗以“咱克喇瓦尔第彻辰汗”（梵语意为：转金轮王）尊号；当即俺答汗回赠索南嘉错：“圣识一切瓦齐尔达喇赖达喇嘛”尊号[12]，自始“达赖喇嘛”之称号被确定。不久，俺答汗返归化城（今呼和浩特）兴建锡勒图召，供奉索南嘉错达赖喇嘛，并请他向蒙古民众传播佛法。
继淹答汗之后，蒙古各部封建领主，竟相效法引进喇嘛教，以巩固其政治统治地位。在蒙古首领带头尊奉佛教影响下，西藏喇嘛教在蒙古地方广为传播，达赖喇嘛之名亦遍及蒙古各地[13]。
1588年，索南嘉错（达赖喇嘛），应明神宗邀请赴北京讲经，同年二月二十六日，在赴京途中圆寂。
1589年正月初一日，三世达赖的化身，于土默特部台吉彻辰曲库尔（亦名苏弥尔，即淹答汗之子）之王妃巴堪珠拉“如白莲出污泥而不染，不染胎衣秽污脱胎而生。”灵童诞生时，“出现了许多令人惊异的征兆”。[14]
1602年，西藏三大寺尊照索南嘉错临终时的遗嘱，派遣代表前来内蒙古地方访寻在达赖的（化身）转世灵童，认定云丹嘉错为3世达赖转世灵童，迎请入藏。先于藏北热振寺举行坐床典礼，然后迎入哲蚌寺学经、受沙弥戒。1607年，云丹嘉错赴札什伦布寺，向四世班禅罗桑曲结求法，拜班禅为师。1616年，四世达赖云丹嘉错在哲蚌寺圆寂，时年28岁。
三、达颜汗与达赖喇嘛等的关系
1618年，藏巴汗丹迥旺布鲁成为红教首领，建立噶马王朝政权。藏巴汗掌握西藏政权后，对黄教（格鲁派）施行摧残迫害，并下令不许寻访五世达赖的转世灵童。自宗喀巴创建黄教（格鲁派）以来，在西藏、青海和西康等地发展180余年，不仅受到广大藏民崇敬，并得到蒙古王公的支持和拥护。1622年，格鲁派寻访到四世达赖喇嘛转世灵童罗桑嘉错，六岁时，在四世班禅罗桑曲错主持下（拜班禅为师），受沙弥戒、比丘戒。由拉萨三大寺僧众迎至哲蚌寺坐床供奉，为五世达赖喇嘛。
当时，四世班禅、五世达赖因不堪忍受藏巴汗的压制，离开拉萨，躲藏南山地区。“1641年，五世达赖密（驻青海）招屡立战功的固始汗（名丹增却吉嘉错）进入西藏”护教。
1642年，固始汗增却吉嘉错，应邀率蒙古军进藏，驱逐红帽派首领藏巴汗，占领日喀则，尽夺噶马政权。随即将藏巴汗等俘获处死，藏巴汗政权随之灭亡。固始汗“在夺得控制西藏大权后，出于政治上的原因，这位蒙古军事首领把最高的宗教权利让给与他合作的黄帽系的达赖喇嘛，这使得黄帽系，即格鲁派占有超过红帽系的优势”。又“在蒙古头领固始汗”支持下，时年，十九岁的五世达赖执掌了西藏的宗教大权[15]。
1645年，固始汗作为格鲁派庇护者，赠予日喀则扎什伦布寺池巴（寺主）班禅·罗桑却吉坚赞为“班禅博克多”（意为：大学者、大师）的尊号，并向他受戒求法。[16] 从此，为格鲁派首领达赖、班禅的活佛转世奠定了基础。而固始汗直至1655年去世前，一直支配着统治全藏的政治权。
17世纪初，“后金”政权，推翻明朝的统治。后金统治者努尔哈赤，深知利用喇嘛教安抚西藏和蒙古各部，巩固其统治权的重要性。于1621年，主动与西藏喇嘛教首领和蒙、藏封建主建立“联盟”关系。据《大金喇嘛法师宝记碑》载：有一名叫：干禄达儿罕囊素的西藏喇嘛，“不惮跋涉，东历蒙古诸部，阐扬圣教”。努尔哈赤对他顶礼膜拜，十分尊敬。同年，干禄达儿罕囊素圆寂，努尔哈赤下令为他建祀祈塔。努尔哈赤死后，清太宗皇太极继皇位，起初他极力反对满族信奉喇嘛教。后于1634年，征伐蒙古察哈尔部林丹汗兵败逃青海大草滩病故。在察哈尔部的墨尔根喇嘛将该部珍藏的护法金佛“嘛哈噶喇”献给皇太极。皇太极深知利用喇嘛教征服蒙古具有重要作用。一改反对喇嘛教，为提倡尊奉保护。当即向金佛行三跪九叩大礼。并于1638年，下令在盛京（今沈阳）西郊修建胜实寺供奉“嘛哈噶喇”金佛。
1642年，西藏达赖、班禅遣使与清王朝皇帝通好，建立“施主关系”。并派遣赛青曲结为代表，于1643年抵达盛京拜见皇太极。清“太宗亲率诸王贝勒大臣出怀远门迎之，太宗率众拜天行三跪九叩之礼毕，伊喇固克散（即赛青曲结）等奉达赖喇嘛之书及黄氆氇上，太宗立而受之，遂携手相见。” 1644年赛青曲结返回西藏，带回清太宗致达赖、班禅、萨迦法王等人的亲笔信和赠送盛多的礼品[17]。
清朝入关后，更对蒙古人信仰的喇嘛教大力提倡保护。顺治时“尚有喀尔喀一隅未服，以外藩蒙古惟以喇嘛之言是听，因往召达赖喇嘛。”[18]此时，恰逢漠北“喀尔喀三汗奏请发帑使，延达赖喇嘛”[19]来蒙传法。为此，顺治帝即派遣使臣赴西藏问候达赖、班禅，并赠大量银两在各大寺熬茶、布施。1651年，顺治帝又遣恰噶喇嘛、喜饶喇嘛二人赴西藏，敦请五世达赖前来北京会晤。次年，达赖率僧俗官员三千人，经青海抵京觐见顺治帝。顺治帝福临“曲尽优渥”，隆重接待五世达赖一行。
1653年，达赖返回西藏时，顺治帝在南苑德寿寺设宴为他饯行。并派遣礼部尚书觉罗朗丘、理藩院侍郎古达礼等赴代噶地方，送去清朝政府用满、汉、藏文字镌刻赐封达赖为：“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”金册。顺治帝赐给“达赖喇嘛”的封号和金册、金印，进而巩固了达赖为西藏喇嘛教领袖的地位。同年，清朝政府又派遗大臣入藏，正式册封控制全藏实权的蒙古固始汗为：“尊行文义敏慧固实汗”，并赐予用汉、藏、蒙文镌刻的金册、金印[20]。 当时清朝政府沿未直接对青海、西藏行施统治权，对固实汗赐予金册、金印，是对他拥有统治西藏、青海地区首领地位，加以承认和安抚。清朝政府承认达赖为西藏宗教领袖、固实汗为西藏政权统治首领，是对二者实行政、教分治的肯定。这一影响遍及于蒙古各部后，蒙古各部封建主闻风争相派遣使者，纷至拉萨，向达赖喇嘛叩拜，供奉大量布施，熬茶诵经。更进一步密切了蒙古封建主与西藏格鲁派宗教首领之间的关系。
一、 准噶尔部入侵西藏的灾难
固始汗死后，其子达颜汗继承对青海、西藏地区的控制权。达颜汗上台后，首先取消达赖喇嘛对西藏行政与宗教双重权力地位，恢复西藏第巴行政的权力。并任命第巴桑结嘉错为第巴，掌管全藏政权。但桑结嘉错从小受达赖喇嘛培养（亦说是五世达赖的非婚生子）[21]，故将其行施的行政权力，仍听命于达赖喇嘛的控制。
1701年，达颜汗死亡，其子拉藏汗继承统治全藏大权，但他与第巴桑结嘉错关系恶化。1705年，第巴桑结喜错指使拉藏汗府内侍在其饮食中下毒，当被拉藏汗发觉后，两人矛盾更为激化。随即第巴桑结嘉错一面调集卫藏民兵武装驱逐拉藏汗；一面与准噶尔首领策妄阿拉布坦相勾结，“令其出兵青海，袭击拉藏汗后方，以便前后夹攻，驱逐拉藏汗出藏。”[22] 同时，拉藏汗也密令调集驻札藏北、青海等地的蒙古军队来拉萨。同年7月，拉藏汗调集的蒙古军入藏击溃藏军，并将第巴桑结嘉错及其几名亲信捉获处死。另一说，此次事件起因，是因拉藏汗王妃才旺甲茂在拉萨行为粗暴，“被第巴桑结嘉错的部属驱逐到藏北，并要她和拉藏汗返回青海，由此激怒了拉藏汗。”[23] 拉藏汗殊杀桑结嘉错后，任命隆素（传说他是拉拉藏汗的私生子）出任第巴职务；同时派人向清廷奏告：桑结嘉错“谋反”；其所立之六世达赖仓央嘉错并非真达赖转的世灵童，平日耽于酒色，不守清规，请予以“废黜”等情。当时，康熙帝亦不满桑结嘉错隐匿五世达赖之丧，又勾结噶尔丹，并阻挠五世班禅晋京等所为（康熙帝于1695、1696、和1698年，多次遣使携旨赴藏邀请五世班禅赴京，时年30多岁的班禅亦想进京觐见康熙帝，但因执掌西藏政教大权的第巴桑结嘉错阻挠，终未成行）。故对拉藏汗所为，予以认可。并敕封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，派遣侍郎赫寿等带着的金印，入藏进行“安抚”。
桑结嘉错等被杀，引起西藏各寺院的僧众不满，造成拉萨等地社会局面的动荡不宁。康熙帝即令将六世达赖仓央嘉错“诏执献京师”，当时拉藏汗即宣布奉旨将六世达赖已废黠。当清廷派遣钦差大臣郎寿抵达拉萨时，准噶部策妄阿拉布坦派遣的武装到拉萨后，即前来抢夺仓央嘉错。清廷恐仓央嘉错“有达赖喇嘛之名，众蒙皆服之．．．．．．若为策妄阿拉布坦迎去，则西域、蒙古皆向策妄阿拉布坦矣”[24]，更将引起西藏社会的动乱。
1706年五月，仓央嘉错交清军解押赴京的消息传出后，在拉萨各寺院中引起很大震动。哲蚌寺僧众当即拦路将仓央嘉错抢到寺内，嗣蒙古兵包围该寺三天，央嘉错自已走出寺院，接受被解押起程。据曾目睹此事经过的意大利传教士记载：在“解送京师的路途上，……接近中国边界理塘时，（解送）达赖喇嘛的蒙古卫队停下来，开始执行处死他们所保护之人的秘密使命。据说，达赖喇嘛在处死之前，请求近侍中的朋友们告慰西藏人民。说将在处死他的地方再生，他们应到这理来寻找新的转达世化身。”[25]
有关仓央嘉错之死，据《清圣祖实录》称：“康熙四十五年（1706）理藩院题，驻扎西宁喇嘛商南多尔济报称：拉藏汗送来假达赖喇嘛，行至西宁口外病故”。松巴堪布：《青海史》中亦说：六世达赖仓央嘉错解送赴京途中，“死于青海上部的衮噶诺尔湖。” 另外还有一说“仓央嘉错被解送北京后，又被清政府送往五台山软禁，直至死亡。”[26] 此外还有多种说法不一的传言。1707年，拉藏汗与第巴隆素商定，立巴噶曾巴•伊喜嘉错为六世达赖喇嘛，迎至布达拉宫坐床。并于1710年，报请清廷册封伊喜嘉错为六世达赖喇嘛。当请五世班禅主持，为伊希嘉错举行坐床典礼仪式。但是，拉藏汗拥立的六世达赖伊喜嘉错，在拉萨三大寺喇嘛皆不认同，青海和特部的蒙古台吉们等也不尊奉。 青海和硕特部固始汗另一裔孙罗卜藏丹津和固始汗第五子之孙察罕丹津，长期以来对拉藏汗继承汗位，控制西藏和达赖喇嘛，颇为不满。因此，极力反对拉藏汗擅自立伊喜嘉错为六世达赖喇嘛的举动。他们按照仓央嘉错的遗言，在西康理塘地方，中寻找到一名为：格桑嘉错男孩，认定他是仓央嘉错转世灵童。并秘奏清廷册封。康熙帝因拉藏汗已立伊喜嘉错为六世达赖，恐再立格桑嘉错，引起西藏社会更大的混乱。当令先将此灵童密藏青海红山寺供养，后又移住塔尔寺。直到拉藏汗被准噶尔人杀害后，清军进藏讨伐准噶尔部时，由皇十四子允 题奉旨承认格桑嘉错五世达赖的转世灵童（即六世达赖），并赐给金印、金册，护送他进藏在布达拉宫坐床。
清朝政府鉴于五世达赖喇嘛圆寂后，西藏发生拉藏汗与格鲁派上层僧侣之间的矛盾日益加剧。拉藏汗掌管西藏事务，独断专行所立六世达赖后，更造成西藏局势动荡不宁。为此，1713年，清廷正式册封五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”（班禅，意为大学者、大师，额尔德尼为满语，意为宝贝）尊号。这是继承了固始汗对西藏统治的策略，确立统治西藏的格鲁派领袖人物达赖与班禅具同等的宗教首领地位。以使其互相牵制，维护各自的法权统治地位。
1716年，策旺阿拉布坦利用西藏格鲁派僧人为桑结嘉错报仇制造的骚乱之机，即派遣其部将台吉策零多敦布（才仁同柱）率精兵六千，（其中有来自拉萨色拉寺院的喇嘛为响导）穿过人烟稀少的藏西北空旷无人的阿里地带，绕经藏北纳木湖进入拉萨。在攻打拉藏前，“策零敦多布采用了阴险毒辣的谋略使拉藏汗失去警惕。1717年6月，策零敦多布以拉藏汗长子的名义给拉藏汗写信。信中请他到汗王夏宫所在地拉萨以北，达木与他见面。拉藏汗思念儿子心切，他带着少数卫队兵前去达木，他没有意识到策零敦多布的军队已设下了层层埋伏。”[27]当时拉藏汗的幼子风闻得知这一阴谋后，立即骑马疾驰赶去告诉他的父亲。拉藏汗得悉时，已与准噶尔军队遭遇，当即令其军队撤出。并派人向清廷报告，要求清廷支援。同时，邀请来五世班禅前来藏北，商洽与准噶尔军谈判事宜。
由于拉藏汗的指挥官与藏族士兵之间有矛盾，西藏格鲁派喇嘛亦不满拉藏汗的独断专行，杀死第巴桑结嘉错。而策零敦多布率领准噶尔的军队，与拉藏汗武装，双方在藏北当雄地区进行激战。同年12月，拉萨三大寺喇嘛发动大暴动，许多青壮年喇嘛参加准噶尔军队，为其做向导，策零敦多布军队攻占拉萨后，进入布达拉宫袭杀了拉藏汗，并虏其妻子。当时在拉萨的法国传教士德斯德利目睹了这一经过：（策零敦多布）“他的军队洗劫了这座城市，恣意劫掠，将拉萨各寺庙的圣物及珍宝劫掠一空。”并派遗“一支庞大护送队，护送从拉萨寺院窃来的大量珍宝”运往伊犁。而对拉藏汗拥立的六世达赖意希嘉错，在五世班禅的请求情下，未被杀害，将其软禁在药王山甲波里寺。[28]
当清政府得悉准噶尔人占领拉萨，并杀害了拉藏汗的消息后，康熙帝一面命西安将军额伦特率兵赴藏；一面遣侍卫色棱宣谕青海和硕特部蒙古兵配合清军进西藏，驱逐准噶尔军入侵。但额伦特考虑要从准噶尔人手中夺回西藏，“这就需要一支更强大、具有攻击性的军队，至少在准备进行大战之前，要有一年的准备时间。”但皇命不能抗拒，故先派遣一支规模较小的侦察队，在色棱指挥下先对进军拉萨的路线进行侦察。不幸这支军队深入到准噶尔军的驻地时，被包围在一处堡垒的废墟中。因既无粮草，又无援兵，“他们不得不以驮物的牲畜充饥，甚至吃掉同伴的尸首。一个月之后，这支四面楚歌的额伦特部队终于交械投降。”[29] 当即准噶尔军将这支七千余饥锇憔悴的清兵，驱赶到一处废墟中全部屠杀了。
清军这支进军拉萨部队，遭遇到全军覆灭的失败命运后，清廷上下大为震憾，一些大臣认为西藏地处山川阻隔的西南偏隅，不宜再用兵进藏。康熙坚持西藏为西南边陲要地，保全西藏对保障云南、四川、青海等地的安宁尤为重要。况准噶部屡与清朝对抗，如不加制止其侵略行径，势必危及蒙古各部和边疆地区的安宁秩序。
于是清廷痛下决心，又调集重兵，派遣十四皇太子允 题为抚远讨伐大将军，于1720年，率领3000余人的主力部队，先赴塔尔寺拜见六世达赖格桑嘉错。并将康熙帝赐镌刻：“宏法觉众第六世达赖喇嘛之印”（为百两黄金印）和诰命金册（这是清廷承认册封的第三个六世达赖，后改他为七世喇嘛。）并无数稀世器皿、珍玩等面呈格桑嘉错。六世“达赖喇嘛格桑嘉错，向大将军王回赠佛舍利、珍珠丸和其他上等礼物；向康熙帝奉献佛像、佛舍利、珍珠丸、氇氆等礼品及奏折。”[30] 而后择吉日，由大将军允 题陪伴，离开塔尔寺随清军前赴拉萨。
这次清军进藏分南、北、中三路，南路由定西将军噶尔弼率领，为保障军队粮秣供应，选择由人口较稠密的打箭炉和昌都入藏；中路主力部队由平逆将军延信率领，护送格桑嘉错由青海出发，沿途击败准噶尔军的拦劫。同年4月，经那曲平安抵达拉萨。 策零敦多布率准噶尔军进藏时，慌称是护送五世达赖转世灵童格桑嘉错回拉萨布达拉宫坐床。西藏僧俗人众得知他欺骗慌言，颇大失所望。当清朝皇十四子率军护送六世达赖格桑嘉错进藏时，“就使这场讨伐准噶尔入侵的战争变成了‘圣战’”。在清军向拉萨进发中“人们从各地聚集起来欢迎达赖喇嘛，并聆听清朝政府命令”，“沿途的西藏人，主动与征讨大军和达赖喇嘛会合，把外来的准噶尔人逐出家园”。当清军兵临拉萨的城下时，“拥有四千人的准噶尔守卫部队，既不能撤退又不愿投降，”孤注一掷的发起攻击。希图能把达赖喇嘛格桑嘉错抢夺到手，用他作人质，通过谈判来挽救其失败的命运。但激战中，“在遭到沉重的打击之后，准噶尔人彻底的失败了”。此后，清朝政府尊照格鲁派僧众的愿望，将桑结嘉错改称为七世达赖嘛嘛，迎入布达拉宫坐床。
六、清朝大力扶植发展喇嘛教策略
清朝历代统治者，对喇嘛教及其首领达赖、班禅等高僧，倍加尊崇笼络，目的是对其巩固安定蒙、藏地区的统治，更为有效的策略。清乾隆皇帝在《喇嘛说》中说：“盖中外黄教总司以此二人（达赖、班禅），各部蒙古一心归之，兴黄教即所以安众蒙古，所系非小，故不可不保护之。”清王朝统治者，原本不信佛教。皇太极曾多次谕旨诸贝勒、大臣说：“国中不得私立寺庙，其私为喇嘛僧及一切巫星士左道俱禁之”，并指责“喇嘛等以供佛为名，潜肆贪奸，直妄人耳。蒙古诸人深信其忏悔起生等语，以致有悬转轮，结布幡之事，嗣后俱宜禁止。”[31] 自17世纪初，青海蒙古和硕特部首领固始汗图鲁拜琥进军西藏后，确立了格鲁派为宗教势力的统治地位。而后，皇太极征伐蒙古察哈部林丹汗时，获得该部墨尔根喇嘛，奉献元代八思巴献给忽必烈有千金铸造的“喇哈噶嘛”佛像前来归顺。并告其自三世达赖索南嘉错在蒙古大漠南北弘宣佛法，喇嘛教格鲁派已成为蒙古贵族和广大人民所尊奉的最大宗教派别。自始清朝统治者认识道，利用喇嘛教维护、巩固其对蒙古、西藏等边疆民族地区的统治地位具有极其重要作用。更以喇嘛教来麻醉蒙古人思想，削弱蒙古族“英勇尚武”传统之策略。为此，继清初皇太极在盛京兴建实胜寺，顺治为迎接五世达赖喇嘛，在北京修建西黄寺后。1691年，康熙帝更为迎合蒙古各部封建主之意愿，在内蒙古多伦诺尔兴建成了规模宏伟的汇宗寺，并指派与达赖、班禅、哲布尊丹巴齐名的喇嘛教四大首领之一章嘉噶根活佛为寺主。使其成为联络蒙古漠南、漠北地区喇嘛教的中心。
1698年，归化城（今呼和浩特）崇福寺二世内齐托音呼图克图（活佛），参与康熙平定噶尔丹之乱有功，敕令扩建俺答汗时修建的崇福寺、延寿寺（席勒图召）、弘慈寺等多处寺庙；雍正帝将其北京的府邸扩展供奉喇嘛教的雍和宫外，又在归化城兴建了慈灯寺（五塔寺），发努金十万两，在多伦诺尔兴建夫模宏大的善因寺。又发帑金十万两，还在打箭炉（康定）噶达地方，修建惠远寺，并重修青海佑宁寺、广惠寺等许多寺庙；乾隆帝在平定新疆准噶尔部割据势力骚乱后，为仰喇嘛教的蒙古王公朝觐，在承德行宫避暑山庄周围，仿照拉萨的布达拉宫，兴建了宏伟壮丽的普陀宗乘之庙等八大处的喇嘛寺庙。1780年，为迎接六世班禅来承德，又仿西藏扎什伦布寺，兴建起须弥福寿之庙，为班禅的行宫。乾隆在撰写《须弥福寿之庙碑文》说：兴建此庙目的是：“上以扬历代政治保帮之漠烈，下以答列藩倾心向化之悃忱。” 并鼓励蒙古封建王公兴建寺庙、翻译大藏经；规定蒙古人家有两名以上男性者，必须有一人出家到寺庙当喇嘛。
在清朝统治者大力提倡尊崇佛教政策鼓励下，喇嘛教在西藏、青海和内外蒙古、新疆额鲁特部和五台山等地区，都得到更大的发展。被誉为喇嘛教六大寺院：西藏的哲蚌寺、色拉寺、噶丹寺、扎什布伦寺和青海塔尔寺，甘南拉卜楞寺和五台山等地，在清政府和蒙古王公的积极保护、尊崇下，不断得到扩建修缮。据清末统计：清代在内蒙古各地兴建喇嘛教寺庙共有一千余座；外蒙古各地兴建寺庙有747座；青、甘、新疆和四川等地蒙古人聚居区域，也兴建寺庙有600百余座。这些寺庙，长期驻庙喇嘛多则2500人，少则亦有10 余人。在漠北喀尔喀蒙古地区700余座寺庙中，拥有喇嘛人数共计105.577名，约占当时蒙古人男性的44%左右。[31] 从1641年始为黄教一世的哲布尊丹巴呼图克图在库伦寺院座床以来，各部蒙古封建首领每年在该寺院举行盛大庆典时，都送给哲布尊丹巴大量的牧地、阿勒巴图（牧奴）和马、牛、羊等牲畜。1750年，哲布尊丹巴呼图克图名下除拥有辽阔牧地外，还拥有数十万头牛羊马驼和三万余人沙毕那尔（牧奴）。[32] 可见喇嘛教在清代，已成为广大蒙古人赖以寄托未来憧景的精神支柱；更成为清朝统治者和蒙古封建王公，利用其巩固统治地位的工具。 清代藏传佛教在蒙古地区风动朝野，发扬广大，洋洋数千卷的大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》，用珠砂墨译成蒙古文，在各大寺院中珍藏诵讼，确乎是一代不朽之盛业。喇嘛教在蒙古人中流传之广根扎之深，既有其历史源渊和文化观念信仰成分；更为主要的是清朝皇帝和蒙古王公等封建统治者以其有重要政治利用价值。大力提倡、扶持、鼓励其发展，是其兴盛不衰的主要原因。
注：
※ 参阅{清}耶喜巴勒登:《蒙古政教史》苏鲁格译 民族出版社 1989年；固始噶居巴·洛桑泽培：《蒙古佛教史》陈庆英等译，天津古藉出版社 1990年；智观巴·贡却乎丹巴绕杰《安多政教史》甘肃民族出版社，1982年版式载：“霍尔成吉思汗抵藏，占领上阿里以内地区，派遣使节至后藏，供奉礼品于萨迦贡噶宁布，遂成施供之缘。后复致函，陈述召请彼等赴蒙地之意，亦请去若干佛像、佛经、佛塔。”另外《红史》、《蒙古源流》和《多桑蒙古史》等书中亦均记载有关成吉思汗与在征西夏或西域时，曾进入过了西藏与西藏统治者有过联系，但这些书中的所说成吉思汗与藏传佛教高僧之关系，互有矛盾。而藏文献资料中，没有印证的记载。
[1]巴俄·祖拉陈瓦：《智者喜宴》下册，民族出版社，1986年版。
[2][3]参阅蔡巴·贡噶多吉：《红史》庆英等译，西藏人民出版社 1988年
[4]参见《萨迦五祖文集》，德格木刻版，第十二函。
[5] [11] [25]参见牙含章著：《达赖喇嘛传》生活．读书．新知三联书店，1964年。
[6]参见《西藏民族政教史》。
[7]参见蒙文《蒙古源流》。
[8]珠荣嘎译：蒙文《阿勒坦汗传》（《名为宝汇集之书》）内蒙古人民出版，1990年。
[9] [10]萨囊彻辰著，道润梯步译：《蒙古源流》，内蒙古人民出版社，1981年。
[12]参阅《续藏史鉴》；（美）约翰·麦格雷格著，向红茄译：《西藏探险》，西藏人民出版社，1985年。
[13] [15]参阅杨绍猷：《俺答汗评传》，中国社会科学出版社，1992年。
[14]参见五世达赖喇嘛阿旺罗桑桑喜错著《四世达赖喇嘛云丹嘉错传》，陈庆英、马连龙译：《一至——四世达赖喇嘛传》，中国藏学出版社，2006年第一版。
[16]参见王尧：《第巴·桑结嘉错杂考》，载《清史研究》第1辑。
[17]参见《西藏通览》，转引自牙含章：《达赖喇嘛传》。
[18]魏源：《圣武记》。
[19]徐珂：《清稗类钞》第四册，“宗教类”，中华书局，1984年。
[20]《清世祖实录》卷 74。
[21 ] [27]参见王辅仁、陈庆英：《蒙藏民族关系史略》，中国社会科学出版社，1985年。 [22][30]《清圣祖实录》卷宗161；227；卷67、卷69、卷76。
[23] [29] [31]（美）约翰·麦格雷格：《西藏探险》，西藏人民出版社，1985年版。
[24]参见藏文《十三世达赖喇嘛传》转达引自牙含章：《达赖喇嘛传》。
[25]参阅恰白·次旦平措等著：《西藏通史》，西藏古藉出版社，1996年。
[28]参见（意）伯戴克：《十八世纪前期的中原和西藏》，莱登，1972年。
[32]王先谦：《东华录》，天聪五年条。
